Глубина заделки семян в сеялке-лущильнике ЛДС-6 регулируется путём передвижения на штоке гидроцилиндра подвижного упора. Регулировка угла атаки батарей, который составляет 30-35 град., выполняется посредством изменения угла установки полевого, а также заднего бороздного колёса к направлению движения. При работе на участках, где производилась предпосевная обработка, необходимо уменьшать угол атаки батарей до 20-25 град. Далее приступают к регулировке прицепа сеялки, ввиду того, что каждому углу атаки батарей соответствует его рациональная установка. О правильной установке прицепа свидетельствует перекатывание полевого колеса по полю (в направлении движения) без скольжения, тогда как заднее бороздное колесо должно двигаться по борозде (по направлению движения агрегата), которая образована последним диском сеялки. Переднее бороздное колесо должно идти по оставленной последним диском предыдущего прохода борозде. Регулировка положения переднего бороздного колеса производится путём изменения длины телескопической тяги прицепа. Контролируется и, в случае необходимости, корректируется фактическая норма высева.
В рабочем положении рычаг гидравлического распределителя во время работы с сеялкой ЛДС-6 должен находиться в «Нейтральном» положении.
В процессе работы лущильником-сеялкой ЛДС-6 агрегат не способен двигаться челночным способом, ввиду того, что образованная последним диском борозда, должна быть завалена первым диском. Из-за этого для данной сеялки используется способ движения «вразвал» (против часовой стрелки).