Тракторы Т-100М3 выпускаются в следующих модификациях:
1) – Трактор Т-100М3ГП модификация промышленного назначения. На тракторе установлены передние цилиндры для навески орудий спереди;
2) – Трактор Т-100М3ГС модификация для сельского хозяйства. На тракторе установлен механизм задней навески;
3) – Трактор Т-100М3Б болотоходная модификация общего назначения, приспособлен для установки уменьшителя скорости;
4) – Трактор Т-100М3БГП болотоходная модификация промышленного назначения. На трактор установлены передние цилиндры для навески орудий спереди. Трактор приспособлен для установки уменьшителя скорости;
5) – Трактор Т-100М3БГС болотоходная модификация для сельского хозяйства. На трактор установлен механизм задней навески.