Комплекс КЗС-20 функционирует по двум основным схемам:
1) предварительная очистка, однократная сушка, а затем очистка по любому из предусмотренных для ЗАВ-20 вариантов;
2) предварительная очистка, двукратная (последовательная) сушка и очистка.
В сушильном агрегате комплекса КЗС-20Б применяется пара барабанных сушилок СЗСБ-8,0, тогда как в комплексе КЗС-20Ш – используется одна шахтная сушилка типа СЗШ-16,0.
Зерноочистительный агрегат любой модификации комплекса КЗС способен работать без сушилки. В данном случае схемы его работы отличаются от агрегата ЗАВ только тем, что перед сепаратором первичной очистки будет выполняться предварительная очистка вороха.