Применение неотстоявшегося и неотфильтрованного топлива, а также загрязнение топливного бака влекут за собой выход из строя плунжерных пар, нагнетательных клапанов насоса, распылителей форсунок. Особенно следует остерегаться попадания воды в топливо, так как это приведёт к коррозии деталей топливной аппаратуры и резкому сокращению ресурса плунжерных пар, нагнетательных клапанов и распылителей, а ещё к заеданию плунжеров.
Хранение запасного топлива должно осуществляться в плотно закрытых резервуарах, в которых отсутствует ржавчина и осадок.
Через 60 ч работы трактора Т-4А необходимо очистить от пыли и грязи заливную горловину, отвернуть крышку и прочистить в ней отверстие, вынуть фильтр из заливной горловины и промыть его. Заправить топливный бак чистым топливом (должно отстояться не менее 48 ч), чтобы предотвратить попадание в бак воды и грязи. Заправка топлива производится самотёком из шланга либо под давлением (посредством насоса).
Не следует допускать полного расхода топлива, в баке должно остаться порядка 20-30 л, чтобы предотвратить попадание в топливную систему воздуха и грязи. Во время продолжительной стоянки требуется слить из бака (через сливной кран) в чистую посуду 2-3 литра отстоя и дать ему отстояться.
Верхний слой отстоявшегося топлива можно отфильтровать и повторно залить в бак. Через каждые 960 ч работы трактора Т-4А топливный бак основного двигателя необходимо снимать и промывать.