Коробка перемены передач трактора Т-100М пятискоростная, трёхвальная, смонтирована в отдельном корпусе, который крепится к корпусу бортовых фрикционов и раме трактора. Блокировочный механизм приводится в действие посредством рычага муфты сцепления и препятствует переключению шестерён коробки перемены передач при включенной муфте сцепления. Нижний вал коробки передач изготовлен заодно с конической шестернёй, которая соединяется с большой конической шестернёй вала. Для управления коробкой передач используется рычаг переключения передач. Для включения заднего хода используется отдельный рычаг реверса.